Introduction
Chaque être humain abrite des milliards de micro-organismes invisibles à l’œil nu. Loin d’être de simples passagers, la plupart vivent en symbiose avec nous : ils participent à notre santé, à notre digestion et à la protection de notre organisme.
L’être humain est ainsi l’hôte de cet univers microscopique, car il offre à ces micro-organismes un milieu de vie stable et nourricier. Cette relation, où les deux partenaires en tirent profit, correspond à un mutualisme. Cet ensemble complexe est appelé microbiote humain. On le retrouve sur la peau, dans la bouche, sur les muqueuses et surtout dans les intestins.
Étudier ce monde invisible, c’est comprendre comment l’homme et les microbes cohabitent dans un équilibre fragile, indispensable à la santé.
Qu’est-ce que le microbiote humain ?
Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons microscopiques et archées) vivant sur et dans notre corps. Le plus connu est le microbiote intestinal, qui regroupe plusieurs centaines d’espèces différentes. Chez un adulte, il représente environ un à deux kilogrammes de bactéries, soit presque autant de cellules microbiennes que de cellules humaines.
Le terme microbiome correspond, lui, à l’ensemble des gènes de ces micro-organismes. Autrement dit, le microbiote désigne les habitants eux-mêmes, tandis que le microbiome décrit leur patrimoine génétique. Cette distinction aide les chercheurs à comprendre à la fois qui vit dans notre corps et quelles fonctions ces microbes remplissent.
Les bactéries dominent largement ce monde microscopique, mais d’autres organismes y participent aussi. Le microbiote comprend une population virale non pathogène, composée notamment de bactériophages, des virus qui infectent uniquement les bactéries. Ces virus jouent un rôle essentiel dans la régulation de l’équilibre microbien et ne provoquent pas de maladies humaines.
La répartition du microbiote varie selon les zones du corps :
La peau abrite des bactéries protectrices qui empêchent les microbes pathogènes de s’installer.
La bouche et le nez contiennent des micro-organismes qui participent à la défense contre les infections respiratoires.
Le microbiote intestinal, le plus dense, aide à digérer certains aliments, produit des vitamines K et B9, et soutient le système immunitaire.
L’observation au microscope ou la culture en laboratoire d’un échantillon de salive ou de selles permet d’illustrer la diversité de ces micro-organismes et de comprendre qu’ils forment un écosystème complet et équilibré avec leur hôte.
À retenir
Le microbiote humain est l’ensemble des micro-organismes vivant dans et sur le corps humain. Il comprend notamment des bactéries, des champignons et des virus non pathogènes (bactériophages). Le microbiome correspond à l’ensemble de leurs gènes.
La mise en place du microbiote dès la naissance
Le microbiote se forme dès la naissance et évolue ensuite tout au long de la vie. Au moment de l’accouchement, le nouveau-né entre en contact avec les bactéries du vagin et de la peau de sa mère, qui colonisent progressivement son organisme. Le lait maternel joue un rôle crucial dans cette colonisation : il contient des bactéries bénéfiques et des sucres spécifiques (oligosaccharides) qui nourrissent ces bactéries amies.
À mesure que l’enfant grandit, le microbiote se diversifie : l’introduction d’aliments solides, le contact avec d’autres enfants, les animaux ou la nature enrichissent cette flore microbienne. Vers trois ans, le microbiote d’un enfant devient relativement stable et proche de celui d’un adulte, même s’il continue de s’adapter aux changements de mode de vie.
Les chercheurs suivent cette évolution grâce à des analyses génétiques du microbiome. En comparant le microbiote de nourrissons allaités à celui de bébés nourris au biberon, ils ont montré que le mode d’alimentation influence fortement la composition microbienne.
À retenir
Le microbiote se met en place dès la naissance grâce à la transmission maternelle, à l’alimentation et aux contacts avec l’environnement. Sa diversité se construit pendant les premières années de vie.
Les facteurs qui influencent le microbiote
Le microbiote est un écosystème vivant et sensible, influencé par de nombreux paramètres.
L’alimentation
Notre alimentation influence directement la composition du microbiote. Une alimentation variée, riche en fibres et en végétaux favorise la croissance des bactéries bénéfiques, tandis qu’une alimentation trop riche en sucres ou en graisses diminue la diversité microbienne.
Certaines bactéries intestinales fermentent les fibres alimentaires, produisant des acides gras à chaîne courte. Ces substances renforcent la paroi intestinale et contribuent à la régulation de l’inflammation.
Les antibiotiques
Les antibiotiques détruisent les bactéries pathogènes, mais ils touchent aussi les bactéries utiles. Leur usage excessif ou mal contrôlé perturbe l’équilibre du microbiote, un phénomène appelé dysbiose. Après un traitement, certaines espèces disparaissent temporairement, ce qui peut provoquer des troubles digestifs ou affaiblir le système immunitaire.
Le mode de vie et l’environnement
Le stress, la sédentarité, la pollution ou encore le manque de sommeil altèrent la composition du microbiote. À l’inverse, un contact régulier avec la nature ou les animaux favorise une plus grande diversité microbienne.
À retenir
L’alimentation, les antibiotiques et le mode de vie influencent la composition du microbiote. Un environnement diversifié et une alimentation saine permettent de maintenir son équilibre.
Un équilibre fragile : symbiose, mutualisme et risques de déséquilibre
Le microbiote et son hôte vivent dans une relation de mutualisme : chacun tire profit de l’autre. Le microbiote aide à la digestion et renforce l’immunité, tandis que l’organisme lui fournit un habitat et des nutriments. Cet équilibre s’appelle la symbiose.
Mais cette harmonie peut être rompue. Si certaines espèces deviennent trop nombreuses ou si la diversité diminue, le microbiote peut perdre son rôle protecteur. Des microbes opportunistes, normalement inoffensifs, peuvent alors devenir pathogènes et provoquer des infections ou des inflammations. C’est notamment le cas après un traitement antibiotique ou lors d’un affaiblissement du système immunitaire.
Pour rétablir cet équilibre, les chercheurs explorent plusieurs pistes :
Les probiotiques, micro-organismes vivants qui peuvent renforcer ou restaurer la flore microbienne lorsqu’ils sont consommés en quantité suffisante.
Les prébiotiques, substances présentes dans certains aliments (comme les fibres) qui nourrissent les bactéries bénéfiques et favorisent leur croissance.
Cependant, les scientifiques rappellent que leur efficacité dépend du contexte (âge, alimentation, état de santé) et qu’ils ne remplacent pas une alimentation équilibrée. Ils constituent un soutien complémentaire, mais le maintien d’un mode de vie sain reste la meilleure protection pour un microbiote équilibré.
Dans certains cas graves, la transplantation de microbiote fécal — transfert de bactéries intestinales saines à un patient malade — peut être utilisée pour restaurer un microbiote fonctionnel, notamment après certaines infections intestinales résistantes.
À retenir
Le microbiote et son hôte vivent dans une relation de mutualisme. Son équilibre est fragile : certains microbes peuvent devenir pathogènes s’il est perturbé. Les probiotiques et prébiotiques peuvent aider, mais ne remplacent pas une alimentation équilibrée.
Conclusion
Le microbiote humain forme un écosystème complexe et vital qui relie l’homme à une multitude de micro-organismes. Il se construit dès la naissance, évolue avec l’alimentation et le mode de vie, et joue un rôle essentiel dans la santé.
Cette alliance, fondée sur la symbiose et le mutualisme, repose sur un équilibre délicat : lorsqu’il est rompu, certains microbes peuvent devenir dangereux. Prendre soin de son microbiote, c’est préserver cette coopération intime entre l’être humain et le monde microscopique qui vit en lui — une véritable alliance entre le visible et l’invisible.